Geçmişte, endoskopik omurga cerrahisinin kullanımı intervertebral diskektomi ile sınırlıydı; ancak son zamanlarda spinal stenoz ve foraminal stenoz gibi çeşitli omurga dejeneratif hastalıklarının tedavisi mümkün hale gelmiştir. Bununla birlikte, endoskopik omurga cerrahisi geliştikçe ve endikasyonları genişledikçe, çok çeşitli ve gelişmiş cerrahi teknikler kullanılmaya başlandı ve buna paralel  olarak endoskopik omurga cerrahisinin komplikasyonları da arttı. Bu komplikasyonlar; tedavi edilen bölgeye ve uygulanan cerrahi yönteme  göre değişmektedir. En sık görülen  komplikasyonlar, dura yırtılması, radiks yaralanması, vasküler hasar, dizestezi, enfeksiyon, peritoenal veya psoas hematomu, rezidü ve rekürrens disk, instabilite, artmış epidural basınca bağlı başağrısı olarak sıralanabilir.Bu komplikasyonların görülmemesi ve saptandığında da gereken tedavinin yapılması için, uygun endikasyonda dikkatli cerrahi uygulamak ve komplikasyonlara karşı aşırı hassas davranmak gerekmektedir.