Bitkilerin çevresel strese adaptasyonu yalnızca genetik çeşitliliğe değil, aynı zamanda DNA dizisini değiştirmeden gen ifadesini düzenleyen dinamik epigenetik mekanizmalara da dayanır. Bu düzenlemenin temel katmanları arasında DNA metilasyonu, histon modifikasyonları, kromatin yeniden modellenmesi, küçük RNA'lar ve epitranskriptomik işaretler bulunur; bunların tümü stres tepkilerini ve gelişimsel esnekliği şekillendirmek için etkileşime girer. Bu mekanizmalar, bitkilerin kuraklık, tuzluluk, ısı ve ağır metal stresi sırasında transkripsiyonel programlarını hassas bir şekilde ayarlamasını ve bazı durumlarda nesiller içinde veya nesiller boyunca devam edebilen stres hafızası oluşturmasını sağlar.

Son keşifler, küçük RNA'ların ve N6-metiladenozin (m6A) gibi RNA modifikasyonlarının transkripsiyon sonrası düzenlemedeki rolünü vurgulayarak bitki epigenetik ağlarının karmaşıklığını daha da genişletmektedir. Daha da önemlisi, özellikle DNA veya kromatin değiştiricileriyle birleştirilmiş CRISPR/dCas9 tabanlı sistemler olmak üzere epigenom düzenleme teknolojilerinin ortaya çıkışı, epigenetik durumların hedefli ve geri dönüşümlü bir şekilde manipüle edilmesine olanak tanır. Bu tür yaklaşımlar, kararlı epialeller oluşturabilir, epigenetik nicel özellik lokuslarını (epiQTL'ler) belirleyebilir ve nihayetinde bitki ıslahı ve iklim direnci için yeni araçlar sağlayabilir.

Umut verici ilerlemeye rağmen, bitkilere verimli uygulama, hedef dışı etkilerin en aza indirilmesi ve saha koşullarında indüklenen epigenetik değişikliklerin istikrarının sağlanması gibi zorluklar devam etmektedir. Çoklu omik analizlerini epigenom düzenlemeyle entegre eden gelecekteki araştırmalar, temel epigenetik içgörülerin tarımsal uygulamalara dönüştürülmesi için çok önemli olacaktır. Genel olarak, mekanik anlayışı yenilikçi düzenleme stratejileriyle birleştirmek, bitki epigenetiğini iklim değişikliği çağında sürdürülebilir ürün iyileştirmenin ön saflarına yerleştirmektedir.