Probiyotikler gerek insan gerekse hayvan sağlığı ve beslenmesinde önemli fonksiyonlara sahiptir. Probiyotik bakteri, maya ve mantarlar mikrobiyotanın oldukça önemli elemanlarıdır. Patojenlerin baskılanması, sindirimin kolaylaştırılması, immun sistemin güçlendirilmesi ve daha birçok fonksiyonu bulunan bu mikroorganizmalar yaşamın ayrılmaz bir parçasıdır. Evciltme ile birlikte hayatımıza giren geleneksel biyoteknoloji, DNA’nın keşfedilmesinden sonra modern biyoteknoloji halini almış ve gelişen teknolojiye paralel olarak devrim niteliğindeki tekniklerle donanmıştır. Gen mühendisliği ile canlılar arası DNA transferleri, gen eklenmesi, çıkartılması, gen konversiyonu mümkün hale gelmiştir. İndüklenen mutasyonlar, rekombinant DNA teknolojisi, homolog rekombinasyon ve CRISPR/Cas gibi yöntemler bu amaçla kullanılmaktadır. Birçok organizmada olduğu gibi probiyotiklerde de gen mühendisliği uygulamaları ile manipülasyonlar gerçekleştirilmektedir. Biyoteknolojik yaklaşımlarla probiyotiklerin etkinliklerini artırmak, probiyotik olmayan mikroorganizmalara probiyotik özellik kazandırmak, ürün elde etmek, farmasötik veya aşıların taşınabilmesi için araç geliştirmek, probiyotikleri belirli hastalık veya patojenlerle mücadele için manipüle etmek ve kişiselleştirilmiş tıp yaklaşımına uygun probiyotikler tasarlamak hedeflenmektedir. Bu bölümde biyoteknoloji ve probiyotiklere ilişkin genel bilgiler verilmesinin ardından, probiyotiklerin manipülasyonunda hali hazırda kullanılmakta olan biyoteknolojik yöntemlere değinilecektir.