Bu bölümde, insan mikrobiyotası ile fonksiyonel beslenme arasındaki çift yönlü ilişki çok boyutlu bir yaklaşımla ele alınmaktadır. İnsan vücudu, yalnızca insan hücrelerinden değil, aynı zamanda mikrobiyal hücrelerden oluşan bir süper organizma olarak tanımlanmakta; özellikle bağırsak mikrobiyotası bireyin sağlığı üzerinde belirleyici bir rol oynamaktadır. Fonksiyonel besinler, temel beslenme işlevlerinin ötesinde, içerdiği biyoaktif bileşenlerle fizyolojik süreçleri düzenleyen ve kronik hastalıkların önlenmesinde etkili olan gıdalar olarak tanımlanır. Bu bağlamda, prebiyotikler, probiyotikler ve postbiyotikler gibi mikrobiyotayı modüle eden bileşenlerin sistemik sağlık üzerindeki etkileri geniş kapsamlı olarak incelenmiştir. Bölümde ayrıca nutrigenetik ve epigenetik faktörlerin, bireyin genetik yapısına özgü beslenme yaklaşımlarının planlanmasındaki önemi vurgulanmış; fonksiyonel besinlerin gen ekspresyonu ve epigenetik mekanizmalar üzerindeki etkileri ele alınmıştır. Klinik uygulamalara yönelik vaka örnekleriyle obezite, diyabet, irritabl bağırsak sendromu ve nöropsikiyatrik bozukluklarda fonksiyonel besinlerin tamamlayıcı rolü gösterilmiştir. Sonuç olarak, mikrobiyota odaklı fonksiyonel beslenme, modern sağlık stratejilerinde önleyici ve tedavi edici bir yaklaşım olarak öne çıkmakta; bireyselleştirilmiş diyet modelleriyle entegre edildiğinde halk sağlığına yönelik sürdürülebilir çözümler sunmaktadır.