Şarap, polifenolik bileşikler nedeniyle sağlık açısından yararlı olsa da toksik maddeler içerebilir. En önemli risklerden biri, küflerin ürettiği mikotoksinlerdir. Özellikle Okratoksin A, şarapta yasal limitlerle kontrol altına alınan tek mikotoksindir (AB’de 2 µg/L). Okratoksin A başta olmak üzere aflatoksinler, patulin, fumonisinler, zearalenon ve trikotesenler şarapta bulunabilmektedir. Mikotoksinler, bağdaki üzümlerin hasat öncesi veya sonrası küflerle kontamine olmasıyla oluşur; iklim, depolama ve üretim teknikleri kontaminasyonu etkiler. Başlıca mikotoksijenik küfler Aspergillus, Penicillium, Fusarium, Alternaria, Botrytis ve Byssochlamys cinsleridir. Örneğin, Aspergillus carbonarius ve A. niger Okratoksin A üretiminde baskındır; A. flavus ve A. parasiticus aflatoksin üretir. Kırmızı şaraplar, üretim sürecindeki maserasyon aşaması nedeniyle genellikle daha yüksek Okratoksin A içerir. Beyaz ve roze şaraplarda bu risk daha düşüktür. Okratoksin A miktarı, üzüm çeşidi, hasat ve işleme koşulları, fermentasyon (özellikle malolaktik fermentasyon) ve depolama sırasında azalabilir. Aktif karbon, potasyum kazeinat, bentonit gibi berraklaştırıcı maddeler Okratoksin A gideriminde etkilidir. Literatürde Türkiye ve dünyadan yapılan çalışmalarda, kırmızı şarapların Okratoksin A seviyelerinin genellikle beyaz şaraplardan yüksek olduğu ve bazı örneklerde yasal limitleri aştığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, şarapta mikotoksin oluşumunu önlemek için bağcılıkta hijyen, hızlı işleme, uygun depolama ve etkin berraklaştırma yöntemleri kritik önemdedir.