Epigenetik, DNA dizisi değişmeden gen ifadesini düzenleyen mekanizmaları kapsar ve bitkilerin stres koşullarına uyumunda merkezi öneme sahiptir. DNA Metilasyonu; CpG adacıkları, metiltransferaz enzimleri, gen susturma, transpozon baskılama ve stres toleransındaki rolü tartışılmaktadır. Kuraklık, tuzluluk ve ozon gibi streslerde metilasyon profillerinin değiştiği, bunun da adaptasyon ve hatta nesiller arası kalıtıma yansıyabileceği örneklerle açıklanır. Histon Modifikasyonları; asetilasyon, metilasyon, fosforilasyon ve ubiquitinasyon gibi değişimlerin kromatin yapısı üzerinden gen ifadesini düzenlediği vurgulanır. Bitkilerde çiçeklenme, tohum gelişimi, kök oluşumu ve stres yanıtları gibi süreçlerde histon modifikasyonlarının kritik rolü olduğu belirtilir. RNA Tabanlı Düzenlemeler; miRNA, siRNA ve lncRNA gibi moleküllerin gen ifadesini post-transkripsiyonel seviyede kontrol ettiği ve özellikle RdDM yoluyla DNA metilasyonu ile etkileştiği öne çıkarılır. Domates meyve olgunlaşması ve buğdayda kuraklık toleransı gibi örnekler verilmektedir.

Sonuç olarak; epigenetik mekanizmaların bitki biyolojisinde gelişim, stres yanıtı ve ürün kalitesi üzerinde belirleyici olduğu, CRISPR/dCas9 gibi araçlarla hedefli epigenetik düzenlemelerin tarımda gelecek vadettiği görülmektedir. Ayrıca kalıcılık, özgüllük ve lncRNA’ların işlevsel validasyonu gibi araştırma boşluklarının doldurulması gerekmektedir.