Bu bölüm bitkilerde görülen başkalaşım süreci ve adaptasyonu şekillendiren sistematik, ekoloji ve epigenetik arasındaki etkileşimi incelemektedir. İlk olarak, çevresel strese hızlı ve geri dönüşümlü tepkiler verilmesini sağlayan epigenetik mekanizmaların (DNA metilasyonu, histon modifikasyonları ve kısa RNA yolakları) rolünü vurgulanmaktadır. Bu süreçler, fenotipik plastisiteyi ve bazı durumlarda nesiller arası kalıtımı destekleyerek, bitkilere DNA dizisi değişikliklerinin ötesinde bitkilerde görülen değişimlerde esneklik sağlar. İkinci olarak, epigenetik varyasyonun taksonomi ve filogenetiği nasıl etkilediği incelenmektedir. Epigenetik farklılıklar, mangrovlar, Spartina ve klonal karahindibalarda görüldüğü gibi, yakın akraba olan taksonları ayırt edebilir ve önemli genetik varyasyon olmasa bile ekolojik farklılıkları ortaya çıkarabilir. Bu, epigenetiğin sistematik için değerli bir tamamlayıcı araç olduğunu göstermektedir. Son olarak, ıslah ve monokültür tarımın genetik çeşitliliği azalttığı tarımsal ekosistemlerdeki epigenetik çeşitlilik ele alınmaktadır. Buna rağmen etkisini sürdüren epigenetik varyasyon tarımsal baskılar altındaki stres toleransı, verim istikrarı ve dayanıklılığa katkıda bulunmaktadır. Epigenetik belirteçler, epiQTL haritalama ve CRISPR/dCas9 gibi epigenom düzenlemeye dayalı gelişmeler, sürdürülebilir ve iklim dostu tarım için epigenetik çeşitliliğin potansiyelini ortaya koymaktadır. Sonuç olarak epigenetik;  ekoloji, taksonomi ve bitki bilimi arasındaki boşluğu doldurarak, bitki evrimine yeni bakış açıları ve küresel iklim zorlukları karşısında tarımsal iyileştirme için pratik yollar sunmaktadır.