İn vitro bitki doku kültürü süreçlerinde ortaya çıkan epigenetik yeniden programlama, bitki genomunun metilasyon dinamiklerini değiştirerek somaklonal varyasyonun (SV) temel belirleyicilerinden biri haline gelir. DNA metilasyonu, CG, CHG ve CHH bağlamlarında MET1, CMT3 ve DRM2/RdDM yolları aracılığıyla düzenlenir ve gen ifadesi, transpozon baskılanması ve genom stabilitesinin korunmasında kritik rol üstlenir. Doku kültürü mikroçevresindeki stres faktörleri (antioksidatif dengesizlikler, sürekli alt kültürleme, bitki büyüme düzenleyicileri ve kültür süresi) epigenetik instabiliteyi tetikler. Bu süreç, geçici veya kalıcı metilasyon değişiklikleri ile hücresel yeniden programlanmayı etkileyerek fenotipik sapmalar oluşturur. Epigenetik kökenli bu değişimler, ticari mikroçoğaltma sistemlerinde klonal sadakat sorunlarına yol açsa da, ıslah programları için değerli bir varyasyon kaynağı oluşturur. Metilasyon değişimlerinin izlenmesinde MSAP ve metAFLP gibi hızlı tarama yöntemleri ile bisülfit dizileme gibi yüksek çözünürlüklü yaklaşımlar birlikte kullanılmaktadır. Epigenetik stabilitenin yönetimi; kültür koşullarının optimizasyonu, stres yönetimi ve epigenetik profil izlemesiyle mümkün olup kontrollü varyasyon üretimi açısından stratejik önem taşır.