Nadir hastalıklar, düşük prevalanslarına rağmen yüksek morbidite, mortalite, uzun tanısal değerlendirme süreçleri ve ciddi sosyoekonomik yük ile ilişkili heterojen hastalık grubunu temsil etmektedir. Günümüzde 7.000’den fazla nadir hastalık tanımlanmış olup bu hastalıkların büyük çoğunluğu genetik kökenlidir. Genomik teknolojilerdeki ilerlemeler, nadir hastalıkların yalnızca klinik belirtiler temelinde değil, genomik varyasyonlar, biyolojik yolak düzensizlikleri, hücresel ağ organizasyonu ve multi-omik profiller çerçevesinde değerlendirilmesini mümkün hale getirmiştir. Bununla birlikte belirgin fenotipik heterojenite, düşük prevalans, sınırlı hasta kohortları ve tanısal arayış süreci olarak tanımlanan uzun ve karmaşık klinik gecikmeler; nadir hastalıkların moleküler karakterizasyonu, genotip–fenotip ilişkilerinin yorumlanması ve hasta-spesifik tedavi stratejilerinin geliştirilmesi açısından önemli güçlükler oluşturmaktadır. Yeni nesil dizileme teknolojileri, uzun-okuma genomik analizler, optik genom haritalama ve epigenomik yaklaşımlar; daha önce tanımlanamayan patojenik varyantların ortaya konulmasına katkı sağlamaktadır. Ayrıca CRISPR-temelli genom düzenleme sistemleri, RNA tabanlı tedaviler ve hasta-spesifik translasyonel modeller; hassas tıp uygulamalarının nadir hastalıklardaki önemini artırmaktadır. İnsan Fenotip Ontolojisi (HPO) ve Orphanet Nadir Hastalık Ontolojisi (ORDO) gibi ontolojik sistemler, fenotipik ve moleküler verilerin standardizasyonunda önemli rol oynarken; multimodal yapay zekâ sistemleri, sistem biyolojisi ve ağ temelli tıp yaklaşımları kompleks genotip–fenotip ilişkilerinin modellenmesinde giderek daha merkezi hale gelmektedir. Bu gelişmeler, nadir hastalıkların klasik klinik kategorilerden uzaklaşarak genomik, moleküler patogenez ve sistem biyolojisi temelli mekanizma odaklı yeni sınıflandırma paradigmaları doğrultusunda yeniden şekillendiğini göstermektedir.